때는 2242년-
「신월의 눈물」이라 불리는 초유의 대재앙으로 지하 깊은 곳으로 달아난 인류는
지하도시국가 「아메이지아」가 붕괴되는 사건을 거치면서 다시 한 번 지상에서 살아갈 희망을 갖기 시작했다.
사람들은 지상 각지에 「네스트」라고 불리는 취락을 형성했다.
여전히 인류의 위협으로서 지상에 만연하고 있는 「엔더스」와 싸워,
네스트 운영에 필요한 에너지 자원인 「AO 결정」을 채굴하는 모험가들을, 사람들은 「드리프터」라고 불렀다.
그런 드리프터들이 모이는 네스트 「록타운」에서 언젠가 드리프터가 되기를 꿈꾸는 청년 「카나타」는
어느 날 굉장한 실력의 드리프터 「토키오」와 함께 탐색하러 방문한 폐허가 된 박물관 안에 잠들어있던,
한 기의 아름다운 메이거스를 발견한다.
수수께끼의 메이거스 「느와르」와의 만남으로 인해, 운명의 이야기는 조금씩 움직이기 시작하는 것이었다.